Το τμήμα λειτουργεί σε 24ωρη βάση (βάρδιες) Σαββατοκύριακα και γιορτές (όλες τις ημέρες του χρόνου ανεξαιρέτως).

Στο τμήμα περίθαλψης βρεφών -  Βρεφοκομείο γίνονται δεκτά βρέφη και νήπια από τον πρώτο μήνα της ζωής τους έως την ηλικία των 2,5 ετών. Κατ’ εξαίρεση και εφόσον κριθεί αναγκαίο γίνονται δεκτά νήπια ηλικίας έως 4 ετών. Το Τμήμα Περίθαλψης Βρεφών εποπτεύεται από Προϊσταμένη, υπάλληλο του Δημοτικού Ιδρύματος.

Ένα παιδάκι εισάγεται:

1. Με αίτηση των γονέων ή ενός γονέα ή του οικογενειακού περιβάλλοντος που ασκεί τη γονική μέριμνα και μετά από διενέργεια κοινωνικής έρευνας της υπηρεσίας ή με αίτηση των Κοινωνικών Υπηρεσιών της χώρας
2. Με εισαγγελική διάταξη ή παραγγελία των Εισαγγελικών Αρχών της χώρας
3. Με διάταξη ή απόφαση Δικαστηρίου της χώρας.

Στην συντριπτική τους πλειοψηφία τα παιδιά  φιλοξενούνται στο ίδρυμα κατόπιν εκδόσεως εισαγγελικής διάταξης που διατάσσει  την εισαγωγή του παιδιού στο ίδρυμα λόγω ακαταλληλότητας του περιβάλλοντος στο οποίο διαβιώνουν και λόγω ακαταλληλότητας των γονέων τους για την άσκηση της επιμέλειας τους. Υπάρχουν επίσης περιπτώσεις φιλοξενίας παιδιών κατόπιν αιτήσεως των βιολογικών γονέων λόγω οικονομικής αδυναμίας ή και αιτήσεις με σκοπό την υιοθεσία.   

Στόχος του «Αγίου Στυλιανού» είναι να παρέχει αγάπη, φροντίδα και περίθαλψη  στα παιδιά που του εμπιστεύονται έως ότου γίνει δυνατή η επανένταξη στο οικογενειακό τους περιβάλλον, με απόλυτο σεβασμό στην προσωπικότητα και τα δικαιώματα τους. Στις περιπτώσεις που είναι ανέφικτο προχωρούμε στη αποκατάσταση τους σε θετές ή ανάδοχες οικογένειες.